このようなウニフキダシの作りかたです。

2つのレイヤーを作り、それそれにウニを配置します。
わかりやすいように色分けしています。

レイヤー構成です。
このウニはトーン素材を使ってますが、トーンのままだと以下の作業ができないので、それぞれラスターレイヤーに変換してあります。

まずは黒い方のウニのレイヤーを選び、色域選択ツールでウニの部分を範囲選択します。

続いて水色のウニのレイヤーを色域選択します。
ここでは印のアイコンにチェックを入れてから選択します。

これで黒いウニと水色のウニの共通部分が範囲選択されました。

新規レイヤーを作り、選択範囲の部分を黒で塗りつぶします。
図では色を替えてわかりやすくしてます。

範囲選択を解除したのち、黒・水色、それぞれのウニのいらない部分を消します。

3つのレイヤーを合成して重なったウニの完成です。